Droplet digital PCR as a tool for investigating dynamics of cryptic symbionts
Julkaisuvuosi
2021
Tekijät
Hiillos, Anna‐Lotta; Thonig, Anne; Knott, Karelyn Emily
Tiivistelmä
Interactions among symbiotic organisms and their hosts are major drivers of ecological and evolutionary processes. Monitoring the infection patterns among natural populations and identifying factors affecting these interactions are critical for understanding symbiont–host relationships. However, many of these interactions remain understudied since the knowledge about the symbiont species is lacking, which hinders the development of appropriate tools. In this study, we developed a digital droplet PCR (ddPCR) assay based on apicomplexan COX1 gene to detect an undescribed agamococcidian symbiont. We show that the method gives precise and reproducible results and enables detecting cryptic symbionts in low target concentration. We further exemplify the assay's use to survey seasonally sampled natural host (Pygospio elegans) populations for symbiont infection dynamics. We found that symbiont prevalence differs spatially but does not show seasonal changes. Infection load differed between populations and was low in spring and significantly increased towards fall in all populations. We also found that the symbiont prevalence is affected by host length and population density. Larger hosts were more likely to be infected, and high host densities were found to have a lower probability of infection. The observed variations could be due to characteristics of both symbiont and host biology, especially the seasonal variation in encounter rates. Our findings show that the developed ddPCR assay is a robust tool for detecting undescribed symbionts that are otherwise difficult to quantify, enabling further insight into the impact cryptic symbionts have on their hosts.
Näytä enemmänOrganisaatiot ja tekijät
Julkaisutyyppi
Julkaisumuoto
Artikkeli
Emojulkaisun tyyppi
Lehti
Artikkelin tyyppi
Alkuperäisartikkeli
Yleisö
TieteellinenVertaisarvioitu
VertaisarvioituOKM:n julkaisutyyppiluokitus
A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessäJulkaisukanavan tiedot
Lehti
Kustantaja
Volyymi
11
Numero
23
Sivut
17381-17396
ISSN
Julkaisufoorumi
Julkaisufoorumitaso
1
Avoin saatavuus
Avoin saatavuus kustantajan palvelussa
Kyllä
Julkaisukanavan avoin saatavuus
Kokonaan avoin julkaisukanava
Rinnakkaistallennettu
Kyllä
Muut tiedot
Tieteenalat
Ekologia, evoluutiobiologia
Avainsanat
[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]
Julkaisumaa
Yhdistynyt kuningaskunta
Kustantajan kansainvälisyys
Kansainvälinen
Kieli
englanti
Kansainvälinen yhteisjulkaisu
Kyllä
Yhteisjulkaisu yrityksen kanssa
Ei
DOI
10.1002/ece3.8372
Julkaisu kuuluu opetus- ja kulttuuriministeriön tiedonkeruuseen
Kyllä