undefined

A molecular-based identification resource for the arthropods of Finland

Julkaisuvuosi

2022

Tekijät

Roslin, Tomas; Somervuo, Panu; Pentinsaari, Mikko; Hebert, Paul D. N.; Agda, Jireh; Ahlroth, Petri; Anttonen, Perttu; Aspi, Jouni; Blagoev, Gergin; Blanco, Santiago; Chan, Dean; Clayhills, Tom; deWaard, Jeremy; deWaard, Stephanie; Elliot, Tyler; Elo, Riikka; Haapala, Sami; Helve, Eero; Ilmonen, Jari; Hirvonen, Petri; Ho, Chris; Itämies, Juhani; Ivanov, Vladislav; Jakovlev, Jevgeni; Juslén, Aino; Jussila, Reijo; Kahanpää, Jere; Kaila, Lauri; Jari‐PekkaKaitila, undefined; Kakko, Ari; Kakko, Iiro; Karhu, Ali; Karjalainen, Sami; Kjaerandsen, Jostein; Koskinen, Janne; Laasonen, Erkki M.; Laasonen, Leena; Laine, Erkka; Lampila, Petri; Levesque‐Beaudin, Valerie; Lu, Liuqiong; Lähteenaro, Meri; Majuri, Pekka; Malmberg, Sampsa; Manjunath, Ramya; Martikainen, Petri; Mattila, Jaakko; McKeown, Jaclyn; Metsälä, Petri; Miklasevskaja, Margarita; Miller, Meredith; Miskie, Renee; Muinonen, Arto; Veli‐MattiMukkala, undefined; Naik, Suresh; Nikolova, Nadia; Nupponen, Kari; Ovaskainen, Otso; Österblad, Ika; Paasivirta, Lauri; Pajunen, Timo; Parkko, Petri; Paukkunen, Juho; Penttinen, Ritva; Perez, Kate; Pohjoismäki, Jaakko; Prosser, Sean; Raekunnas, Martti; Rahulan, Miduna; Rannisto, Meeri; Ratnasingham, Sujeevan; Raukko, Pekka; Rinne, Aki; Rintala, Teemu; Miranda Romo, Susana; Salmela, Jukka; Salokannel, Juha; Savolainen, Riitta; Schulman, Leif; Sihvonen, Pasi; Soliman, Dina; Sones, Jayme; Steinke, Claudia; Ståhls, Gunilla; Tabell, Jukka; Tiusanen, Mikko; Várkonyi, Gergely; Vesterinen, Eero J.; Viitanen, Esko; Vikberg, Veli; Viitasaari, Matti; Vilen, Jussi; Warne, Connor; Wei, Catherine; Winqvist, Kaj; Zakharov, Evgeny; Mutanen, Marko
Näytä enemmän

Tiivistelmä

To associate specimens identified by molecular characters to other biological knowledge, we need reference sequences annotated by Linnaean taxonomy. In this paper, we 1) report the creation of a comprehensive reference library of DNA barcodes for the arthropods of an entire country (Finland), 2) publish this library, and 3) deliver a new identification tool for insects and spiders, as based on this resource. The reference library contains mtDNA COI barcodes for 11,275 (43%) of 26,437 arthropod species known from Finland, including 10,811 (45%) of 23,956 insect species. To quantify the improvement in identification accuracy enabled by the current reference library, we ran 1,000 Finnish insect and spider species through the Barcode of Life Data system (BOLD) identification engine. Of these, 91% were correctly assigned to a unique species when compared to the new reference library alone, 85% were correctly identified when compared to BOLD with the new material included, and 75% with the new material excluded. To capitalize on this resource, we used the new reference material to train a probabilistic taxonomic assignment tool, FinPROTAX, scoring high success. For the full-length barcode region, the accuracy of taxonomic assignments at the level of classes, orders, families, subfamilies, tribes, genera, and species reached 99.9%, 99.9%, 99.8%, 99.7%, 99.4%, 96.8%, and 88.5%, respectively. The FinBOL arthropod reference library and FinPROTAX are available through the Finnish Biodiversity Information Facility (www.laji.fi). Overall, the FinBOL investment represents a massive capacity-transfer from the taxonomic community of Finland to all sectors of society.
Näytä enemmän

Organisaatiot ja tekijät

Turun yliopisto

Winqvist Kaj

Elo Riikka

Penttinen Ritva

Vesterinen Eero

Jyväskylän yliopisto

Ovaskainen Otso Orcid -palvelun logo

Itä-Suomen yliopisto

Pohjoismäki Jaakko

Helsingin yliopisto

Juslén Aino

Vesterinen Eero J.

Ståhls Gunilla

Mattila Jaakko

Koskinen Janne

Kahanpää Jere

Jakovlev Jevgeni

Paukkunen Juho

Salmela Jukka

Vilen Jussi

Kaila Lauri

Schulman Leif

Viitasaari Matti

Rannisto Meeri

Lähteenaro Meri

Tiusanen Mikko

Ovaskainen Otso

Somervuo Panu

Sihvonen Pasi

Elo Riikka

Savolainen Riitta

Malmberg Sampsa

Pajunen Timo

Roslin Tomas

Oulun yliopisto

Aspi Jouni Orcid -palvelun logo

Mutanen Marko Orcid -palvelun logo

Ivanov Vladislav

Suomen ympäristökeskus

Schulman Leif Orcid -palvelun logo

Várkonyi Gergely Orcid -palvelun logo

Ahlroth Petri

Julkaisutyyppi

Julkaisumuoto

Artikkeli

Emojulkaisun tyyppi

Lehti

Artikkelin tyyppi

Alkuperäisartikkeli

Yleisö

Tieteellinen

Vertaisarvioitu

Vertaisarvioitu

OKM:n julkaisutyyppiluokitus

A1 Alkuperäisartikkeli tieteellisessä aikakauslehdessä

Julkaisukanavan tiedot

Volyymi

22

Numero

2

Sivut

803-822

Julkaisu­foorumi

63525

Julkaisufoorumitaso

1

Avoin saatavuus

Avoin saatavuus kustantajan palvelussa

Kyllä

Julkaisukanavan avoin saatavuus

Osittain avoin julkaisukanava

Rinnakkaistallennettu

Kyllä

Muut tiedot

Tieteenalat

Ekologia, evoluutiobiologia; Genetiikka, kehitysbiologia, fysiologia

Avainsanat

[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object],[object Object]

Julkaisumaa

Yhdistynyt kuningaskunta

Kustantajan kansainvälisyys

Kansainvälinen

Kieli

englanti

Kansainvälinen yhteisjulkaisu

Kyllä

Yhteisjulkaisu yrityksen kanssa

Ei

DOI

10.1111/1755-0998.13510

Julkaisu kuuluu opetus- ja kulttuuriministeriön tiedonkeruuseen

Kyllä