Jäteveden metagenomisten tietojen louhinta väestön terveyteen ja tauteihin liittyvien trendien tunnistamiseksi

Rahoitetun hankkeen kuvaus

Jätevesiseuranta on noussut uudeksi epidemiatyökaluksi tartuntatautien seurannassa, koska sen avulla voidaan havaita väestötasolla tapahtuvia muutoksia. Uuden sukupolven sekvensointitekniikoiden nopea kehittyminen on laskenut sekvensoinnin kustannuksia, mikä puolestaan tukee projekteja, joissa tutkitaan näytteen koko geneettinen materiaali (metagenomit). Tässä hankkeessa tutkimme jäteveden metagenomia, jonka avulla saamme luotettavan kuvan väestön terveyteen vaikuttavista tekijöistä viemäriverkoston alueella. Arvioimme jäteveden geneettisten tekijöiden ja paikkakuntakohtaisten terveystietojen välisiä tilastollisia riippuvuuksia. Käytämme näiden geneettisten tautiriski-indikaattorien tunnistamiseen bioinformatiikan ja datatieteen menetelmiä, esimerkiksi koneoppimista. Lisäksi tutkimus tuottaa kustannustehokkaan menetelmän infektioepidemiologisen terveystiedon tuottamiselle ja väestön terveystutkimukselle.
Näytä enemmän

Aloitusvuosi

2023

Päättymisvuosi

2027

Myönnetty rahoitus


Tarja Pitkänen Orcid -palvelun logo
299 998 €

Rooli Suomen Akatemian konsortiossa

Partneri

Muut osapuolet

Johtaja
Tampereen yliopisto (355135)
400 000 €

Rahoittaja

Suomen Akatemia

Rahoitusmuoto

Akatemiahanke

Muut tiedot

Rahoituspäätöksen numero

355355

Tieteenalat

Kansanterveystiede, ympäristö ja työterveys

Tutkimusalat

Kansanterveystiede

Tunnistetut aiheet

genes, genetics