Molecular Dynamics simulaatiossa lasketellään atomien rataa molekulissa, esimerkiksi proteinissa. Teidot tätästä avulla voidaan esimerkiksi kehitää uutta lääkeitä. Mutta, koska pääoletus Molecular Dynamics:ssa on että kemialliset sidokset mallinnetaan kuin jousit, sidokset eivat voida katkaista. Tämä on ongelmallista koska todellisuudessa, protonien sidokset katkeavat koko ajan. Olemme aiemmin kehittäneet uudenlaisen molekyylidynamiikka menetelmän, jossa protonien sidokset voivat katketa. Käytämme tätä menetelmää nyt nykyaikaisilla supertietokoneilla kahden tärkeän rakennebiologian ongelman ratkaisemiseen: (i) Miten biomolekyylit tunnistavat tai aistivat toisensa ja (ii) millä mekanismilla proteiinit voivat muuntaa kemiallista energiaa mekaaniseksi työksi.

2026

2028