MAPAMEPA

Populaatiogenomiikan saralla uusimpia edistysaskeleita on saavutettu lisäämällä lajin sisäisen variaation ymmärrystä ratkaisuissa keskeisiin sovelluksiin, kuten biomarkkerien etsintään, taudinaiheuttajien seurantaan, kasvaimien evoluution mallintamiseen ja niiden hoitokeinojen kehittämiseen. Tätä massiivisista ja monimutkaista pangenomista dataa voidaan tuottaa uusilla sekvensointimenetelmillä. Suurteholaskennalla on olennainen rooli käsiteltäessä tällaista räjähdysmäistä informaation kasvua. Projektin tavoitteena on saavuttaa vaikuttavia tuloksia sekä teorian että käytännön tasolla pangenomiikan keskeisiin skaalautuvuusongelmiin. Erityisesti suurteholaskentaa hyödyntäen projektin tavoitteena on tuottaa käytännöllisiä menetelmiä suurten genomidatojen analyysiin, tiivistämiseen, ja indeksointiin. Menetelmien etuja demonstroidaan räätälöidyissä ohjelmistoissa taudinaiheuttajien seurantaan sekä syöpägenomiikkaan.

2022

2024