Tutkimusapuraha on pääsääntöisesti henkilökohtaisina myönnettävä apuraha, joka on tarkoitettu väitöskirjojen ja post doc -töiden tekemiseen. Tutkimusapurahan haku aukeaa alkuvuodesta ja apuraha on yleensä haettavissa kaksi viikkoa. Tutkimusapurahoja myönnettäessä painotetaan korkeatasoisia hakemuksia, päätökset tehdään huhtikuussa.

Tutkimusapurahahakemuksen liitteeksi tulee: -tutkimussuunnitelma -suositukset -edistymisraportti -eettisen toimikunnan lausunto (mikäli tutkimushankkeen kannalta oleellinen) -rekisteritutkimuksissa rekisterinpitäjän lupa (mikäli tutkimushankkeen kannalta oleellinen) -mahdolliset muut liitteet (mikäli tutkimushankkeen kannalta oleelliset) Tutkimussuunnitelma on kaikille hakijoille pakollinen liite. Tohtorikoulutettavien osalta suositus on pakollinen ja siinä on käytävä ilmi hakijan paikka tohtorinkoulutusohjelmassa. Mikäli rahoitusta haetaan tutkimukselle, joka on jo aikaisemmin saanut rahoitusta, samaan tarkoitukseen Alli Paasikiven säätiöltä, myös edistymisraportti on pakollinen. Eettisen toimikunnan lausunto, rekisterinpitäjän lupa sekä mahdolliset muut liitteet pitää liittää mukaan, mikäli ne ovat tutkimuksen kannalta oleellisia. Tutkimussuunnitelman pituus on korkeintaan 12 000 merkkiä (sis. välilyönnit ja lähteet). Tutkimussuunnitelmasta tulee käydä selkeästi ilmi hankkeen tutkimustehtävä, tutkimus- ja analyysimenetelmät, aikataulu ja budjetti.