Scots pine genotypes from Finland, code and supplementary data for the paper: "Does the seed fall far from the tree? Weak fine-scale genetic structure in a continuous Scots pine population"

Kuvaus

Supplementary data for the manuscript: "Does the seed fall far from the tree? Weak fine-scale genetic structure in a continuous Scots pine population" Files included in the dataset: 1. & 2. "Genotypes.ped" & Genotypes.map": PLINK genotype file in .ped format and SNP position file in .map format including filtered genotype data for 469 individuals and 65 498 SNPs used for principal component analysis (PCA) and estimating pairwise relatedness. 3. "MAF_01_pine_426inds_23623_loci.raw" : Plink Genotype file in .raw format including 23 623 SNPs for 426 unrelated Scots pines used in the rare allele analyses. 4. "Locations_population.txt" : Location information for 469 Scots pines in Punkaharju research area. The sampling site ("Ranta-Halola" or "Mäkrä") is given. Command files included: 5. "Spatial_R_commands_fighsare.R": Main R commands of the PCA, FST and Mantel analyses. 6. "GCTA_commands_figshare.txt": Main GCTA commands for estimating relatedness and inbreeding. Supplementary data file: 7. "Niskanen_etal_2024_Supplements.pdf": Includes Supplementary figures S1-S6 and tables S1-S2.
Näytä enemmän

Julkaisuvuosi

2024

Aineiston tyyppi

Tekijät

Maatalous-metsätieteellinen tiedekunta

Tanja Pyhäjärvi Orcid -palvelun logo - Tekijä

Katri Kärkkäinen - Tekijä

Sonja Kujala Orcid -palvelun logo - Tekijä

Ekologian ja genetiikan tutkimusyksikkö - Julkaisija

Outi Savolainen - Tekijä

Alina Niskanen Orcid -palvelun logo - Tekijä

Projekti

Muut tiedot

Tieteenalat

Ekologia, evoluutiobiologia; Genetiikka, kehitysbiologia, fysiologia

Kieli

englanti

Saatavuus

Avoin

Lisenssi

Creative Commons Nimeä 4.0 Kansainvälinen (CC BY 4.0)

Avainsanat

Scots pine, Forest genetics, SNP, Spatial genetics

Asiasanat

mänty, boreaaliset metsät, paikkatietoanalyysi, populaatiogenetiikka

Ajallinen kattavuus

undefined

Liittyvät aineistot