Euroopan luonnontieteiden infrastruktuuri biologiselle tieteelle
Lyhenne
ELIXIR (Suomi)
Infrastruktuurin kuvaus
ELIXIR on Euroopan hajautettu ja koordinoitu bioinformatiikan tutkimusinfrastruktuuri. Se kerää, ylläpitää, yhdistää ja jakaa biotieteen tutkimuksen tuottaman tiedon liittyen niin geenien ja proteiinien kuin populaatioiden rakenteisiin ja toimintaan. ELIXIR:in ydin ovat arvokkaat tietoaineistot, niiden yhdistely ja aineistojen käyttö tutkimuksen ja bioteknologian innovaatiotoiminnassa ja edistämisessä. Suomi on ELIXIR jäsen (Valtiosopimus 7/2015, Finlex). CSC:llä sijaitseva ELIXIR Suomen keskus on erikoistunut kehittämään, hallinnoimaan ja tarjoamaan pilvipalveluresursseja biotieteellisten organisaatioiden, terveys- ja hyvinvointidatan ja biopankkien datan käyttöönotolle ja sovelluksille ja tarjoamaan bioinformatiikan työkalujen koulutusta. Noodin palvelut ovat tuotannossa ja niitä käytetään aktiivisesti eurooppalaisessa ja kansallisessa yhteistyössä molekyylilääketieteen instituutin, THL:n ja Biokeskus Suomen kanssa.
Tieteellinen kuvaus
Toiminta alkanut
2016
Vastuuorganisaatio
CSC - Tieteen tietotekniikan keskus Oy
Avainsanat
cloud computing, IaaS
Tutkimusinfrastruktuurin palvelut
cPouta, ePouta - CSC Infrastructure as a Service cloud for bio and health use cases
REMS - ELIXIR authentication and authorisation infrastructure services
HAKA
KALMAR2
eduGAIN
Large biological data mirroring (pilot)
BBMRI.fi
Researcher and Trainer Training in bioinformatics
International standards for biological data and metadata
Tools and Databases run by ELIXIR Nodes
The European Nucleotide Archive (ENA)
UniProt
Protein Data Bank in Europe (PDBe)
Pfam
Ensembl
Gene Ontology
InterPro
IntEnz
ArrayExpress
ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest)
IntAct
PRIDE (The Proteomics Identifications Database)
Reactome
BioModels
The European Genome-phenome Archive (EGA)
The Ontology Lookup Service (OLS)
Ensembl Genomes
Expression Atlas
ChEMBL
EBIMetagenomics
Enzyme Portal
EuropePMC
MetaboLights
Rfam database
Tutkimusinfrastruktuurin muut tiedot
Tieteenalat
LÄÄKE- JA TERVEYSTIETEET
Luokituksia
Suomen Akatemian tiekartalla
true
Tunnisteet
urn:nbn:fi:research-infras-2016072517