Euroopan luonnontieteiden infrastruktuuri biologiselle tieteelle

Lyhenne

ELIXIR (Suomi)

Infrastruktuurin kuvaus

ELIXIR on Euroopan hajautettu ja koordinoitu bioinformatiikan tutkimusinfrastruktuuri. Se kerää, ylläpitää, yhdistää ja jakaa biotieteen tutkimuksen tuottaman tiedon liittyen niin geenien ja proteiinien kuin populaatioiden rakenteisiin ja toimintaan. ELIXIR:in ydin ovat arvokkaat tietoaineistot, niiden yhdistely ja aineistojen käyttö tutkimuksen ja bioteknologian innovaatiotoiminnassa ja edistämisessä. Suomi on ELIXIR jäsen (Valtiosopimus 7/2015, Finlex). CSC:llä sijaitseva ELIXIR Suomen keskus on erikoistunut kehittämään, hallinnoimaan ja tarjoamaan pilvipalveluresursseja biotieteellisten organisaatioiden, terveys- ja hyvinvointidatan ja biopankkien datan käyttöönotolle ja sovelluksille ja tarjoamaan bioinformatiikan työkalujen koulutusta. Noodin palvelut ovat tuotannossa ja niitä käytetään aktiivisesti eurooppalaisessa ja kansallisessa yhteistyössä molekyylilääketieteen instituutin, THL:n ja Biokeskus Suomen kanssa.

Tieteellinen kuvaus

Toiminta alkanut

2016

Vastuuorganisaatio

CSC - Tieteen tietotekniikan keskus Oy

Avainsanat

cloud computing, IaaS

Tutkimusinfrastruktuurin palvelut

cPouta, ePouta - CSC Infrastructure as a Service cloud for bio and health use cases

REMS - ELIXIR authentication and authorisation infrastructure services

HAKA

KALMAR2

eduGAIN

Large biological data mirroring (pilot)

BBMRI.fi

Researcher and Trainer Training in bioinformatics

International standards for biological data and metadata

Tools and Databases run by ELIXIR Nodes

The European Nucleotide Archive (ENA)

UniProt

Protein Data Bank in Europe (PDBe)

Pfam

Ensembl

Gene Ontology

InterPro

IntEnz

ArrayExpress

ChEBI (Chemical Entities of Biological Interest)

IntAct

PRIDE (The Proteomics Identifications Database)

Reactome

BioModels

The European Genome-phenome Archive (EGA)

The Ontology Lookup Service (OLS)

Ensembl Genomes

Expression Atlas

ChEMBL

EBIMetagenomics

Enzyme Portal

EuropePMC

MetaboLights

Rfam database

Tutkimusinfrastruktuurin muut tiedot

Tieteenalat

LÄÄKE- JA TERVEYSTIETEET

Luokituksia

Suomen Akatemian tiekartalla

true

Yhteystiedot

Nimi

Kuvaus

Sähköpostiosoite

Näytä sähköpostiosoite

Puhelinnumero

+358 9 457 2821

Tunnisteet

urn:nbn:fi:research-infras-2016072517